Kabupaten Kepulauan Aru juga memiliki pantai berlumpur yang banyak ditumbuhi vegetasi mangrove dengan spesies yang sering dijumpai antara lain Rhizophora sp. dan Bruguiera sp. Sementara pantai berpasir ditumbuhi vegetasi pantai, vegetasi budidaya, beberapa spesies vegetasi bakau, dan lainnya.
2. Terumbu Karang
Berdasarkan data dari KKP mengenai terumbu karang sekitar Suak Alam Perairan (SAP) Kepulauan Aru Bagian Tenggara, pengamatan terumbu karang di Pulau Enu dilakukan pada kedalaman sekitar tiga meter. Hasil dari pengamatan, persentase tutupan karang di lokasi ini sebesar 84 persen dan termasuk kategori sangat baik.
Beberapa jenis karang yang terdapat di daerah ini antara lain Acropora sp., Montipora sp., Lobophyllia sp., dan Goniastrea sp. Karang dari jenis Acropora sp. adalah karang yang mendominasi.
3. Rumah Bagi Penyu
Laut Arafura merupakan rumah bagi penyu hijau di Indonesia, khususnya Kabupaten Kepulauan Aru, dan dasar daerah tempat mencari makan dan migrasi penyu sisik, penyu belimbing dan kemungkinan penyu pipih. Beberapa penelitian menguatkan bahwa empat spesies penyu laut (Chelonia mydas, Eretmochelys imbricata, Lepidochelys olivacea, Caretta caretta) memiliki habitat di Kepulauan Aru.
