Beberapa permasalahan yang sering muncul dalam aspek untuk pemulihan kesehatan terkait dengan masih banyaknya layanan yang belum ramah korban, tidak adanya dukungan sosial bagi korban untuk mengakses layanan, tidak tau keberadaan layanan, serta keterbatasan pendanaan.
Dalam konteks Maluku, situasi geografis kepulauan juga memberikan tantangan tersendiri dalam proses rujukan untuk korban, maupun akses layanan kesehatan, dan pendampingan hukum. Masalah pembiayaan seringkali menjadi halangan bagi korban mendapatkan akses layanan kesehatan.
Peraturan dalam BPJS mengecualikan permasalahan kesehatan akibat tindak pidana, termasuk kekerasan seksual dalam pembiayaannya. Pembiayaan bagi korban kekerasan seksual berbeda-beda di tiap daerah, ada yang dijamin dalam APBD, dan tidak jarang yang dibantu penanganannya oleh Lembaga penyedia layanan berbasis masyarakat.
Karena terbatasnya pendanaan, sangat mungkin korban tertunda mendapatkan layanan, seperti layanan untuk pemulihan Kesehatan mental yang dapat menghambat proses pemulihan trauma. Selain pembiayaan, kekurangan tenaga kesehatan di fasilitas yang seharusnya mampu memberikan layanan kepada korban menjadi hambatan lainnya yang menghalangi korban mendapatkan penanganan yang cepat.
