Struktur organisasi juga diperkuat sejumlah departemen yang menangani berbagai bidang strategis. Jenny Eva Kabakoran dipercaya memimpin Departemen Ideologi dan Keanggotaan, Josina S. Usmani memimpin Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, sedangkan Firda Kastanya dipercaya sebagai Ketua Departemen Hukum dan HAM.
Departemen Hubungan Sayap dan Badan dipimpin Masayu Ramlan. Departemen Pemula dan Milenial dipercayakan kepada Salma Cynthia Wati, sementara Jamila Ode memimpin Departemen Perempuan dan Anak.
Pada sektor ekonomi dan sosial, Johana R. Soplanit dipercaya memimpin Departemen UMKM. Rina Lasale menangani Departemen Kesehatan dan Lingkungan, Asrid Lewa Kabeti memimpin Departemen Hubungan Internasional, sedangkan Susi Tanati dipercaya memimpin Departemen Pariwisata.
Adapun Departemen Agama dan Masyarakat dipimpin Hajah Khairati Arafah.
Diperkuat Dewan Pembina, Pakar dan Kode Etik
Selain kepengurusan harian, DPW Garnita Malahayati Maluku juga dilengkapi Dewan Pembina, Dewan Pakar, dan Dewan Kode Etik.
Dewan Pembina dipimpin Farida Brahmaniyar sebagai Ketua, didampingi Melisa Parera sebagai Sekretaris dan Diana Eva Rahamayar sebagai anggota.
Dewan Pakar dipimpin Siti Rubaya Lusi, dengan Henny Apinule sebagai Sekretaris dan Normawati Marasabessy sebagai anggota.
