Pada perkembangannya, Mara berkembang menjadi Partai Amanah Nasional (PAN) dimana ia dipercaya menjadi sekretaris jenderal pertama dan pasca Kongres I di Yogyakarta didapuk menjadi ketua.
Faisal aktif untuk mendirikan beberapa organisasi nirlaba, semisal Yayasan Pencerahan Indonesia, Global Rescue Network, dan Yayasan Harkat Bangsa. Faisal sudah dikenal aktif di berbagai organisasi sejak masih duduk di bangku kuliah Fakultas Ekonomi Universitas Indonesia. Ia masuk di tahun 1978 kala kampus sedang bergejolak dan Faisal tak ketinggalan untuk larut dalam berbagai organisasi pergerakan.
Rekam jejaknya yang baik di ranah akademik, usai kuliah Faisal diangkat menajdi dosen mata kuliah Ekonomi Politik yang baru diperkenalkan di FEUI di akhir akhir 1980-an. Lagi-lagi, atas kemampuannya dalam menguasai bidang kombinasi antara dua disiplin tersebut, pada tahun 2000 Faisal ditunjuk untuk menjadi anggota Tim Asistensi Ekonomi Presiden RI.
Di awal tahun 2001 ia memutuskan untuk keluar dari PAN namun tetap aktif di dunia politik. Ia kemudian mendirikan organisasi politik Pergerakan Indonesia (PI) and sejak Kongres I tahun 2004 hingga 2010 ia dipercaya menjadi Ketua Umum Dewan Pimpinan Nasional. Selanjutnya ia diamanahi untuk memegang jabatan Ketua Dewan Pertimbangan Nasional.
