Pada Agustus 1948, ia diangkat sebagai Residen Maluku Selatan. Pada September 1949, ia ikut serta dalam Konferensi Meja Bundar di Den Haag sebagai anggota Majelis Permusyawaratan Federal, mewakili faksi pro-federal.
Setelah kembali ke Indonesia dari Den Haag, Pellaupessy dicantumkan sebagai ahli dalam urusan federal untuk kantor Perdana Menteri Indonesia Timur. Pada 25 Februari 1950, ia terpilih sebagai Ketua Senat Republik Indonesia Serikat dan secara resmi dilantik pada 27 Februari 1950.
Selama masa jabatannya, Pellaupessy dikirim ke luar negeri beberapa kali untuk mewakili Indonesia dalam konferensi internasional. Pada Oktober 1947, ia pergi ke Belanda untuk berunding dengan instansi pemerintah dan swasta di sana mengenai masalah ekonomi sehubungan dengan rekonstruksi Indonesia.
Pada 1947, ia diangkat sebagai Wakil Ketua Delegasi Belanda untuk Konferensi Perdagangan Internasional di Havana.
Setelah pembentukan Kabinet Natsir, kabinet pertama setelah pengakuan Indonesia, ia diangkat sebagai Menteri Penerangan. Ia juga ditunjuk sebagai Menteri Negara dalam Kabinet Sukiman-Suwirjo.
Berikut jabatan M.A Pellaupessy yang pernah disandang :
Ketua Senat Republik Indonesia Serikat, Masa jabatan 25 Februari 1950 – 16 Agustus 1950.
