Selain itu, proyek ini juga menghadapi masalah lingkungan yang serius. Pembangunan di area yang sebelumnya merupakan hutan menimbulkan tantangan besar dalam hal konservasi lingkungan. Meski pemerintah berencana menjaga 75% dari area IKN sebagai hutan, kenyataannya perubahan penggunaan lahan ini dapat mengancam biodiversitas, termasuk habitat spesies-spesies endemik seperti monyet bekantan dan lumba-lumba Irrawaddy.
Lebih lanjut, program reforestasi yang dilaksanakan terhambat oleh praktik penanaman yang tidak sesuai dengan kondisi tanah dan keberadaan spesies invasif yang mengancam tanaman asli. Masalah sosial juga menjadi tantangan besar. Konflik sosial akibat relokasi penduduk dan perubahan tata ruang menghambat proses pembangunan. Kurangnya dukungan dari masyarakat lokal dan potensi ketidakpuasan sosial memperburuk situasi ini.
Perlu adanya program kompensasi yang adil dan relokasi yang tepat untuk menciptakan hubungan yang harmonis antara pemerintah dan masyarakat. Dalam hal finansial, kendala terbesar adalah mendapatkan komitmen investasi dari sektor swasta. Proyek yang diperkirakan membutuhkan biaya USD 32,7 miliar ini sangat bergantung pada investasi swasta, namun ketidakpastian ekonomi global membuat banyak investor ragu untuk berinvestasi.
