Dalam masa perjuangan mempertahankan kemerdekaan, polisi juga turut berperan sebagai pasukan bersenjata. Polisi Istimewa diubah menjadi Mobile Brigade untuk menghadapi berbagai konflik bersenjata, termasuk pertempuran di Surabaya dan penumpasan PKI di Madiun.
Pada masa ini pula, kepolisian mulai disusun kembali secara nasional oleh R.S. Soekanto. Saat terbentuknya Republik Indonesia Serikat, kepolisian disesuaikan dengan sistem pemerintahan federal dan kembali disatukan menjadi Jawatan Kepolisian Indonesia ketika NKRI kembali ditegakkan pada 17 Agustus 1950.
Pada periode 1950-an, kepolisian tetap berada di bawah perdana menteri dan memiliki kantor pusat di Jalan Trunojoyo, Kebayoran Baru, Jakarta, yang masih digunakan hingga kini. Ini menjadi awal markas besar kepolisian kerap disebut dengan “Trunojoyo” mengadopsi nama jalan kantor tersebut.
Polri memiliki struktur yang terpisah dari militer dan tidak tergabung dalam Korps Pegawai Republik Indonesia (Korpri). Anggota Polri tergabung dalam P3RI, sedangkan istri anggota tergabung dalam Bhayangkari. Polri saat itu memiliki sistem penggajian tersendiri yang lebih baik dari pegawai negeri lain.
Pada era Orde Lama, dengan Dekrit Presiden 5 Juli 1959, terjadi perubahan status kepala kepolisian menjadi Menteri Negara. Seiring waktu, Polri dimasukkan dalam struktur Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (ABRI) dan kedudukannya setara dengan angkatan darat, laut, dan udara. Pendidikan kepolisian pun disatukan dengan AKABRI, dan fungsi Polri diperluas mencakup peran pertahanan serta keamanan.
