Pada 23 Juli 1998, Presiden Republik Indonesia B. J. Habibie membentuk Tim Gabungan Pencari Fakta (TGPF) yang beranggotakan 17 orang dari gabungan unsur Pemerintah, Komnas HAM, dan ormas-ormas lainnya. Dari proses pengumpulan data dan bukti selama tiga bulan, TGPF merilis Laporan Akhir pada 23 Oktober 1998.
Terkait jumlah korban kerusuhan, dalam ringkasan eksekutif laporannya, TGPF menyatakan sulit ditemukan angka pasti jumlah korban dan kerugian. Namun dalam laporan tersebut, TGPF memaparkan data yang beragam.
Untuk jumlah korban jiwa di Jakarta, TGPF mengungkapkan data versi Tim Relawan yaitu jumlah korban meninggal setidaknya 1.217 jiwa (1.190 akibat terbakar atau dibakar dan 27 lainnya terbakar akibat senjata atau penyebab lainnya), dan 91 luka-luka; sedangkan di kota-kota di luar Jakarta, 33 meninggal dunia, dan 74 luka-luka.
Laporan TGPF juga mengungkapkan data jumlah korban versi Polda Metro Jaya, yaitu 451 orang meninggal di Jakarta dengan korban luka-luka tidak tercatat, sedangkan data korban di luar Jakarta tercatat 30 orang meninggal dunia, luka-luka 131 orang, dan 27 orang luka bakar.
Sedangkan data korban versi Kodam Jaya di Jakarta, yaitu 463 orang meninggal termasuk aparat keamanan, dan 69 orang luka-luka. Data versi Pemda DKI Jakarta, korban meninggal dunia 288 jiwa, dan luka-luka 101 orang.
