MPH-PGI senantiasa berupaya untuk tidak menempatkan diri sebagai subordinasi pemerintah, atau sebaliknya superior, melainkan sebagai mitra kritis pemerintah. Sebagai mitra kritis ini, hubungan dan kerjasama MPH-PGI dengan pemerintah selama ini berjalan baik, sebagaimana terlihat dengan program-program bersama dengan berbagai kementerian; pun dengan beberapa pertemuan dengan Presiden dan/atau Wakil Presiden.
Namun pada saat sama, MPH-PGI pun ada kalanya menyampaikan gagasan dan harapan yang disampaikan dengan suara kritis.
Masih dalam kaitan ini, MPH-PGI tetap menjalin hubungan erat dengan berbagai elemen bangsa yang berkehendak baik. Relasi dengan umat beragama (MUI, Muhammadyah, NU, KWI, PHDI, Permabudhi, Walubi dan Matakin) dan berkeyakinan lain (MLKI) tetap dilanjutkan, termasuk juga dengan lembaga-lembaga masyarakat sipil, baik berbasis agama maupun tidak (ICRP, LBHI, PBHI, Imparsial, Kontras, Wahid Institut, Maarif Institut, Setara Institut, Paramadina, CRCS UGM, dll).
Selain dalam rangka mengoptimalkan pencapaian tujuan program bersama, hal ini diharapkan juga ikut membantu mengurangi potensi-potensi ketegangan di antara umat beragama dan masyarakat.
Secara khusus di kalangan generasi muda, MPH-PGI ikut menginisiasi berbagai program interfaith seperti Peace Train, Tembang Kaum Muda, Tanah Air itu Bhinneka, dll.**
