Untuk membangun rumah ibadah, Surat Keputusan Bersama Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri 2006 mensyaratkan adanya persetujuan dari setidaknya 60 warga setempat, yang disahkan kepala desa dan mendapatkan rekomendasi tertulis departemen Agama dan Forum Kerukunan Umat Beragama. Proses ini memiliki potensi konflik di daerah-daerah di mana umat minoritas menghadapi penolakan dari masyarakat setempat.
Pada 5 Mei 2024, sekelompok massa yang dipimpin oleh kepala RT setempat menyerang sejumlah mahasiswa Katolik yang menggelar acara Doa Rosario di sebuah rumah di Tangerang Selatan. Mereka memaksa para peserta untuk tidak beribadah di rumah, melainkan di gereja.
Pada 2 Juli 2024, pemerintah Kabupaten Garut, Jawa Barat, menyegel tempat ibadah jemaah Ahmadiyah. Indonesia juga terus mencatat kasus-kasus pembatasan terhadap hak-hak dan kebebasan umat beragama.
Amnesty International berharap kunjungan Paus Fransiskus akan menyoroti isu-isu ini demi memastikan perlindungan kebebasan beragama di Indonesia.
“Kunjungan Sri Paus memiliki peran penting untuk mendorong Indonesia mengakhiri intoleransi dan diskriminasi terhadap semua kelompok minoritas. Kebebasan beragama merupakan hak yang dilindungi oleh konstitusi Indonesia,” kata Usman Hamid.
