Sayangnya terdapat beberapa kendala yang mestinya sejak awal sudah menjadi perhatian pemerintah Provinsi (Pemprov) Maluku. Hambatan pengembangan proses LIN ;
Pertama, kendala terkait dengan lahan untuk lokasi LIN dan Ambon New Port (ANP). Pemerintah Provinsi Maluku juga telah melakukan persiapan dan penggunaan lahan seluas 700 hektare yaitu kepada warga Negeri Waai dan Liang, Kecamatan Salahutu, Pulau Ambon, Kabupaten Maluku Tengah (Malteng) pada Desember 2020.
Dari lokasi 700 hektare yang dipersiapkan, terdapat 105 sertifikat lahan milik masyarakat dengan total luas kurang lebih 50 hektare. Sedangkan untuk 650 hektare sisanya merupakan tanah petuanan Negeri Waai dan Liang.
Namun, terdapat informasi bahwa pada lahan di wilayah Waai dan Liang terindikasi terdapat ranjau sisa perang dunia kedua yang bisa membahayakan. Selain itu juga terdapat masalah dalam pembebasan lahan. Yakni pemilik lahan menolak untuk pindah dikarenakan kepemilikan tanah yang sudah turun menurun.
Penolakan ini juga terjadi akibat Pemerintah Provinsi (Pemprov) Maluku yang tidak melakukan sosialisasi yang efektif terkait rencana pembangunan kepada masyarakat.
Kedua, hambatan dalam anggaran. Proyek LIN di wilayah Maluku merupakan proyek prioritas strategis dengan anggaran sebesar Rp 3,286 triliun pada tahun 2021. Namun tidak ada anggaran proyek LIN di tahun 2022. Selain itu juga selama ini tidak terdapat nomenklatur anggaran yang tergambar di APBN dalam upaya mendukung Program LIN di Maluku.
