Herman Pieters menjadi orang Ambon dengan pangkat tertinggi di TNI pada era 1950-an. Menurut catatan Pemilihan Umum Tahun 1982 Volume 16, setelah menjadi perwira staf di komando Tentara dan Teritorium VII Wirabuana, yang membawahkan seluruh bekas Negara Indonesia Timur dan hakim perwira di Ambon, sejak 1956 Herman Pieters menjadi komandan Resimen Infanteri ke-25 di Ambon.
Di sekitar memanasnya Permesta, Jenderal TNI Abdul Haris Nasution membagi wilayah komando Tentara dan Teritorium VII Wirabuana menjadi empat Komando Daerah Militer (Kodam): Kodam Udayana di Bali dan Nusa Tenggara, Kodam Hasanuddin di Sulawesi Selatan Tenggara, Kodam Merdeka di Sulawesi Utara Tengah, dan Kodam Pattimura di seluruh Maluku. Letnan Kolonel Herman Pieters menjadi panglima Kodam Pattimura pertama.
“Di Maluku bahkan di wilayah Indonesia bagian Timur nama Kolonel Herman Pieters dikenal. Di lingkungan istana pada tahun lima puluhan Herman Pieters dikenal karena ia kesayangan Bung Karno, presiden RI pertama,” catat M. Saleh Kamah dalam Catatan Seorang Wartawan. Herman Pieters pernah ikut dalam kunjungan Presiden Sukarno ke Mesir.
Herman Pieters cukup dipercaya oleh Nasution dan Sukarno. Kamah menyebut sebagai panglima ia pernah mengusulkan pengampunan dan pengangkatan bekas panglima RMS Thomas Nussy untuk menjadi perwira TNI. Usulan itu disetujui dan Letnan Thomas Nussy terlibat dalam operasi penumpasan Permesta lalu pembebasan Irian Barat.
