Kementerian Sekretariat Negara pada 12 Oktober 2016 mengaku tidak dapat mengumumkan laporan akhir TPF karena tidak memiliki dokumen tersebut. Setelah ada desakan publik, Presiden Joko Widodo memerintahkan Jaksa Agung Muhammad Prasetyo untuk mencari dokumen TPF yang hilang, namun tidak membuahkan hasil.
Pada 28 Januari 2021, Ombudsman RI dari hasil pemeriksaannya mengungkapkan bahwa dokumen asli hasil penyelidikan TPF kematian Munir masih belum ditemukan.
“Peristiwa hilangnya dokumen TPF itu saja menandakan rendahnya kemauan politik negara untuk membuka kembali kasus Munir. Kejadian ini sungguh tidak dapat dipercaya dan sulit diterima oleh nalar,” kata Usman.
Selain hasil TPF, pemerintah juga belum lebih jauh menuntaskan hasil-hasil kepolisian, kejaksaan dan pengadilan. Padahal saat itu telah ada titik terang tentang siapa dalang utama pembunuhan ini. Sayang tidak tuntas.
Motif pembunuhan tidak dapat dipisahkan dari perjuangan Munir yang berani untuk mereformasi sistem keamanan dan kontrol sipil dalam demokrasi di Indonesia. Sebelum dibunuh, Munir aktif mengkritik Rancangan Undang-Undang Badan Inteijen Negara, RUU TNI Tahun 2004 dan RUU Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi Tahun 2004, serta kegiatan publik lainnya. Sayangnya, ada sekelompok orang yang tidak menginginkan perubahan dengan cara membunuhnya.
