Arah Kebijakan Pembangunan Provinsi Maluku RPJMD 2025 – 2029, lebih jauh dijelaskan, permasalahan pembangunan daerah antara lain belum optimalnya aksesbilitas dan layanan kesehatan, kesenjangan antara wilayah masih tinggi, belum merata dan memadainya infrastruktur wilayah dan dasar, belum meratanya kualitas dan aksesibilitas pendidikan, belum optimalnya pengembangan IPTEKIN dan riset, belum optimalnya pertumbuhan ekonomi daerah, pencemaran dan kerusakan lingkungan serta ancaman bencana, tingkat kemiskinan provinsi Maluku masih tinggi, masih tingginya tingkat pengangguran, belum optimal pelestarian budaya dan potensi instabilitas sosial, dan belum optimalnya penyelenggaraan tata kelola pemerintahan.
Penentuan isu strategis RPJMD; RPJPD Maluku 2025 – 2045, tingkat perekonomian rendah, infrastruktur dan literisasi digital rendah, IPTEKIN dan riset lemah, SDM berdaya saing terbatas, Kemitraan dalam pembangunan belum optimal, pelestarian budaya belum optimal dan potensi Instabilitas Sosial, Risiko bencana, ancaman perubahan iklim dan kerentanan daya dukung wilayah, serta kesenjangan antar wilayah. **
