Namun aksi unjuk rasa itu ditanggapi dengan represif melalui pengerahan kekuatan yang eksesif, kekerasan, dan pembunuhan di luar hukum oleh aparat keamanan.
Laporan media dan pernyataan pers Tim Relawan untuk Kemanusiaan tentang Tragedi Sidang Istimewa MPR Tanggal 10-13 November 1998 mengungkapkan sebanyak 17 warga sipil tewas dan 456 lainnya terluka dalam Tragedi Semanggi I.
Setahun kemudian, kekerasan berdarah juga terjadi pada Tragedi Semanggi II pada 24 September 1999 dengan menewaskan 11 warga sipil dan 217 lainnya menjadi korban luka.
Sejumlah polisi dan tentara diadili akibat insiden penembakan Tragedi Semanggi I dan II, namun pengadilan terhadap mereka gagal memenuhi keadilan bagi para korban dan gagal mengungkap dalang di balik penembakan.
Keluarga korban selama ini menuntut agar Tragedi Semanggi I dan II diproses melalui pengadilan HAM. Namun permintaan itu belum terpenuhi karena baik DPR, melalui keputusan veto Badan Musyawarah DPR pada 6 Maret 2007, maupun pemerintah, melalui pernyataan Jaksa Agung ST Burhanuddin saat rapat kerja dengan Komisi III DPR pada 16 Januari 2020 berkilah bahwa Tragedi Semanggi I dan II bukanlah pelanggaran HAM berat, seperti yang disebutkan dalam Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan HAM.
